建設業許可事務ガイドラインより、

【第５条及び第６条関係】

２．許可申請書類の審査要領について

（１）建設業許可申請書（様式第一号）について

⑦ 建設業許可申請書（様式第一号）別紙二（１）「営業所一覧表（新規許可等）」又は別紙二（２）「営業所一覧（更新）」の「主たる営業所」とは、建設業を営む営業所を統轄し、指揮監督する権限を有する一か所の営業所をいい、通常は本社、本店等であるが、名目上の本社、本店等であっても、その実態を有しないもの（単なる登記上の本社、本店等）はこれに該当しない。

【コメント】よって、主たる営業所が登記上の本店の位置と異なっても営業は可能です。
余談ですが、宅建業を営む場合は登記上の本店を本社営業所としなければなりません。