500万円以上の残高証明は、

「ある一日だけ、預金残高が500万円以上になった日に」証明してもらえばそれで申請に使えます。

例えば、
『ある得意先からの入金日が毎月20日で、その日は預金残高が500万円以上になりそうだ』
という場合、
20日現在の残高証明を取って頂ければ、21日には仕入れなどに使っていただいて結構です。

他にも、
『一時的に社長が会社に振り込んで、会社の預金残高500万円以上にする』
でも結構です。この場合は、税法上のことは弊事務所では分かりかねますので、
顧問税理士の先生に問い合わせてから行ってください。

『そんなんでいいの？』と思われるかもしれませんが、
国土交通省発行の「建設業許可事務ガイドライン」にも

「500万円以上の資金を調達する能力を有すると認められる者」

とありますので、一瞬でも調達してこれればそれでよいということです。